В управ­ле­ние Пра­во­слав­ной Цер­ко­вью в Ук­раи­не ар­хи­епи­скоп Фи­ла­рет (Де­ни­сен­ко) всту­пил 14 мая 1966 г. вме­сте с на­зна­че­ни­ем по­сто­ян­ным чле­ном Свя­щен­но­го Си­но­да РПЦ, Эк­зар­хом Ук­раи­ны, ар­хи­епи­ско­пом Ки­ев­ским и Га­лиц­ким. С 27 ок­тяб­ря 1990 г. он — Пред­стоя­тель Ук­ра­ин­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви — не­за­ви­си­мой и са­мо­стоя­тель­ной в сво­ем управ­ле­нии — Бла­жен­ней­ший Ми­тро­по­лит Ки­ев­ский и всея Ук­раи­ны.

Ко­гда при­шел час пе­ре­строй­ки и глас­но­сти, и об­ще­ст­во на­ча­ло ос­во­бо­ж­дать­ся от кан­да­лов то­та­ли­та­риз­ма и КГБ, Фи­ла­рет был ра­зо­бла­чен од­ним из пер­вых. «Ми­тро­по­лит Фи­ла­рет — твер­дый, да­же дес­по­ти­чный ли­дер, очень опыт­ный по­ли­тик, не­пре­взой­ден­ный мас­тер по­ли­ти­че­ской ин­три­ги, ко­то­рый все­лял ар­хие­рей­ско­му кор­пу­су и ду­хо­вен­ст­ву ско­рее страх, чем ува­же­ние... по сво­ему об­ра­зу жиз­ни, тес­ным свя­зям с ком­пар­тий­ной вер­хуш­кой и т.п. был очень уяз­вим для кри­ти­ки» . Ши­ро­кие мас­сы ве­рую­щих и не­ве­рую­щих уз­на­ва­ли из пуб­ли­ка­ций в пе­рио­ди­че­ских из­да­ни­ях Кие­ва и Мо­ск­вы о лич­ной жиз­ни ми­тро­по­ли­та Фи­ла­ре­та, да­ле­ко не от­ве­чаю­щей мо­на­ше­ской.

Кро­ме на­ру­ше­ний мо­на­ше­ских обе­тов, об­ще­ст­вен­ное мне­ние об­ви­ня­ло его в со­труд­ни­че­ст­ве с ор­га­на­ми го­су­дар­ст­вен­ной безо­пас­но­сти. Об­ви­не­ния эти не бы­ли не­обос­но­ван­ны­ми. Вспо­ми­на­ет К.М. Хар­чев, преж­ний пред­се­да­тель Со­ве­та по де­лам ре­ли­гий при Со­ве­те Ми­ни­ст­ров СССР:

«Все во­про­сы, ко­то­рые мы пе­ред ним ста­ви­ли на внеш­ней аре­не, все­гда вы­пол­нял бле­стя­ще. Все­гда с че­стью вы­кру­чи­вал­ся из слож­ных по­ло­же­ний и все­гда да­вал при­ем­ле­мые для нас ре­зуль­та­ты. Пре­крас­ный был ис­пол­ни­тель. Мы, в свою оче­редь, пы­та­лись чет­ко ста­вить пе­ред ним за­да­чи, пред­ва­ри­тель­но об­су­ж­да­ли, в ка­ких гра­ни­цах он мо­жет дей­ст­во­вать. Все сво­ди­лось, ра­зу­ме­ет­ся, к за­щи­те и про­па­ган­де пар­тий­ной по­зи­ции. Ну, вы знае­те: нет ни­ка­ко­го дав­ле­ния на Цер­ковь, Цер­ковь у нас жи­вет сво­бод­но — это, про­сти­те, бред си­вой ко­бы­лы» .

На­хо­дясь в долж­но­сти Гла­вы Ук­ра­ин­ской Церк­ви, Фи­ла­рет сво­ей лич­но­стью дис­кре­ди­ти­ро­вал и бро­сал тень на всю Цер­ковь. Это и про­зву­ча­ло в за­яв­ле­нии 26 на­род­ных де­пу­та­тов Вер­хов­ной Ра­ды Ук­раи­ны 20 ян­ва­ря 1992 г.:

«Не сек­рет, а дос­тоя­ние глас­но­сти, что имен­но ми­тро­по­лит Фи­ла­рет (Де­ни­сен­ко) тес­но свя­зал свою три­дца­ти­лет­нюю дея­тель­ность со служ­ба­ми КГБ для то­го, что­бы уго­дить вла­сти КПСС, по­слу­жить без­бож­ной вла­сти, не столь­ко в ин­те­ре­сах Церк­ви, сколь­ко ра­ди карь­е­ры и воз­мож­но­сти удер­жи­вать Цер­ковь в Ук­раи­не в ру­ках еди­но­дер­жав­ной дик­та­ту­ры. Все это от­во­ра­чи­ва­ет от Церк­ви лю­дей, сво­дит на нет про­по­вед­ни­че­скую, мис­сио­нер­скую ра­бо­ту че­ст­но­го свя­щен­ни­ка, уг­луб­ля­ет вра­ж­ду ме­ж­ду кон­фес­сия­ми и спо­соб­ст­ву­ет рас­ко­лам.

На­ше де­пу­тат­ское соз­на­ние при­зы­ва­ет объ­я­вить оче­вид­ным факт: ми­тро­по­лит Фи­ла­рет (Де­ни­сен­ко) яв­ля­ет­ся пре­гра­дой на пу­ти ду­хов­но­го воз­ро­ж­де­ния Ук­раи­ны, очи­ще­ния об­ще­ст­ва от ста­лин­ских бо­лез­ней. Он дол­жен уй­ти с долж­но­сти Пред­стоя­те­ля Ук­ра­ин­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви, дать ей воз­мож­ность сбе­речь свое един­ст­во, пра­виль­но са­мо­оп­ре­де­лить­ся в но­вых го­су­дар­ст­вен­ных ус­ло­ви­ях, окор­мить из­му­чен­ный на­род чис­той ве­рой и ду­хов­ной си­лою» .

Свя­щен­но­слу­жи­те­ли Ук­ра­ин­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви об­ви­ня­ли ми­тро­по­ли­та Фи­ла­ре­та в ус­пе­хах униа­тов в Га­ли­ции, в воз­ник­но­ве­нии и рас­про­стра­не­нии ав­то­ке­фаль­но­го рас­ко­ла. Вслед­ст­вие гру­бо­го и дес­по­ти­че­ско­го управ­ле­ния Ки­ев­ской Ми­тро­по­ли­ей из юрис­дик­ции Мо­с­ков­ско­го Пат­ри­ар­ха­та уш­ло мно­же­ст­во кли­ри­ков и ми­рян, ко­то­рые не же­ла­ли боль­ше ис­пы­ты­вать на се­бе про­из­вол Ки­ев­ско­го Ми­тро­по­ли­та и его гра­ж­дан­ской же­ны.

Ле­том 1991 г. епи­скоп Пе­ре­яс­лав-Хмель­ниц­кий Ио­на­фан (Елец­ких), ви­ка­рий и по­мощ­ник Фи­ла­ре­та, по­дал в Пат­ри­ар­хию ра­порт о не­дос­той­ном ар­хие­рей­ско­го са­на по­ве­де­нии ми­тро­по­ли­та, за что был ли­шен им са­на.

Ко­ли­че­ст­во жа­лоб, по­сту­пив­ших в Пат­ри­ар­хию, стре­ми­тель­но рос­ло. По­ме­ст­ный Со­бор РПЦ, ко­то­рый то­гда на­ме­чал­ся, дол­жен был рас­смот­реть об­ви­не­ния, вы­дви­ну­тые в ад­рес ми­тро­по­ли­та Фи­ла­ре­та. Что­бы обес­пе­чить се­бе не­при­кос­но­вен­ность (а не ру­ко­во­дству­ясь цер­ков­ной не­об­хо­ди­мо­стью и тем бо­лее не из пат­рио­ти­че­ских по­бу­ж­де­ний), ми­тро­по­лит Фи­ла­рет стал ак­тив­но фор­си­ро­вать про­цесс по­лу­че­ния ав­то­ке­фа­лии для УПЦ с ним во гла­ве.

С 31 мар­та по 5 ап­ре­ля 1992 г. в Свя­то-Да­ни­ло­вом мо­на­сты­ре про­хо­дил Ар­хие­рей­ский со­бор РПЦ, на ко­то­ром об­су­ж­да­лось хо­да­тай­ст­во епи­ско­па­та УПЦ (при­ня­тое под ав­то­ри­тар­ным дав­ле­ни­ем ми­тро­по­ли­та Фи­ла­ре­та), о пре­дос­тав­ле­нии УПЦ ста­ту­са ав­то­ке­фа­лии. В хо­де об­су­ж­де­ний все ча­ще ста­ли зву­чать об­ви­не­ния в ад­рес ми­тро­по­ли­та Фи­ла­ре­та, ко­то­рый ис­поль­зо­вал пре­дос­тав­лен­ную УПЦ са­мо­стоя­тель­ность и не­за­ви­си­мость в управ­ле­нии не на пре­одо­ле­ние рас­ко­ла и воз­вра­ще­ние тех, кто пе­ре­шел в унию, а на то, что­бы сде­лать ее сред­ст­вом уси­ле­ния сво­ей лич­ной вла­сти.

Со­бор оп­ре­де­лил, что бу­дет луч­ше, ес­ли ми­тро­по­лит Фи­ла­рет уй­дет в от­став­ку, по­сколь­ку ему не при­су­щи ка­че­ст­ва, ко­то­рые спо­соб­ст­во­ва­ли бы еди­не­нию во­круг не­го пра­во­слав­ных кли­ри­ков и ми­рян Ук­раи­ны. В кон­це кон­цов с этим со­гла­сил­ся и сам ми­тро­по­лит Фи­ла­рет, ко­то­рый пе­ред Кре­стом и Еван­ге­ли­ем по­обе­щал уй­ти в от­став­ку: «Ес­ли я ска­зал, что я это сде­лаю, — зна­чит, я сде­лаю. Я по­дам про­ше­ние Ар­хие­рей­ско­му Со­бо­ру УПЦ о том, что я про­шу снять с ме­ня эти пол­но­мо­чия — пра­ва Пред­стоя­те­ля УПЦ — и вы­брать на это ме­сто но­во­го Пред­стоя­те­ля» .

От­но­си­тель­но ста­ту­са УПЦ Со­бор при­нял ре­ше­ние «иметь су­ж­де­ние о пре­дос­тав­ле­нии УПЦ пол­ной ка­но­нич­ной не­за­ви­си­мо­сти на оче­ред­ном По­ме­ст­ном Со­бо­ре РПЦ» , ко­гда, «как то­го тре­бу­ет цер­ков­ная дис­ци­п­ли­на, при со­гла­со­ва­нии со все­ми По­ме­ст­ны­ми Пра­во­слав­ны­ми Церк­вя­ми, Пол­но­та Ук­ра­ин­ской Пра­во­слав­ной Церк­ви сво­бод­но вы­явит об этом свою во­лю» .

Вер­нув­шись в Ук­раи­ну, по­со­ве­то­вав­шись с то­гдаш­ним пре­зи­ден­том Ук­раи­ны Л. Крав­чу­ком, за­брав ар­хив и цер­ков­ную каз­ну УПЦ, ми­тро­по­лит Фи­ла­рет от­рек­ся от дан­ной им ар­хие­рей­ской клят­вы, чем по­ло­жил на­ча­ло но­во­му рас­ко­лу, ко­то­рый и до­ны­не раз­ди­ра­ет хи­тон Хри­стов — Его Свя­тую Пра­во­слав­ную Цер­ковь в Ук­раи­не.