Митрополит Флавиан (в миру Николай Городецкий) родился 26 июля 1840 года в Орле в дворянской семье. На четвертом году от рождения он лишился отца, а на десятом — матери. Домашнее воспитание получил в доме тётки. Среднее образование — в Орловской гимназии, куда поступил прямо в четвёртый класс в 1853 году.

Обучался с 1856 года на юридическом факультете Московского университета; на 4-м курсе покинул его, став послушником в Николо-Спешинском монастыре, затем, с декабря 1863 года, — в московском Симонове монастыре; был пострижен в монашество 17 февраля 1866 года в русской посольской Церкви в Риме.

6 июня 1873 года года назначен членом Пекинской миссии. Изучив китайский язык, Флавиан перевёл на него «Объяснение православного богослужения», им самим составленное, «Указание пути в царство небесное» митрополита Московского Иннокентия, «Краткое изложение христианской веры» прот. Н. Волобуева и др. 2 января 1879 года был назначен начальником Пекинской духовной миссии и возведён в сан архимандрита.

В 1884 году по возвращении в Россию был зачислен в число братии Александро-Невской Лавры.

2 февраля 1885 года хиротонисан во епископа Аксайского, викария Донской епархии, 29 июня того же года перемещён на кафедру епископа Люблинского, викария Холмско-Варшавской епархии.

В 1891 году назначен епископом Холмско-Варшавским (в 1892 году возведён в архиепископы), с 1898 году по 1901 году был экзархом Грузии.

С 10 ноября 1901 года — архиепископ Харьковский и Ахтырский.

С 8 декабря 1902 года — почетный член Киевской духовной академии.

С 1 февраля 1903 года — митрополит Киевский и Галицкий и священно-архимандрит Киево-Печерской Успенской Лавры.

Отличался крайней добротой. Помогал он всем, буквально, никому не отказывал в материальной помощи. В Киеве были назначены определенные дни для приема неимущих: с утра до вечера стекался к нему народ, раздача денежных пособий была щедрая.

29 августа 1911 года награжден правом предношения креста за богослужением.

За свою праведную жизнь перед кончиной ему было возвещено в видении грядущие судьбы Русской Православной Церкви, о чем в своей время было напечатано в Синодальной газете "Всероссийский Церковно-Общественный Вестник" в ноябрьских номерах за 1915 год. Он очень почитал митрополита Тобольского Павла (Конюскевича), о прославлении которого он возбуждал ходатайство пред Св. Синодом в 1914-1915 годы. Знаменательно то, что митрополит Флавиан скончался именно в тот день, в который преставился и митрополит Павел.

Скончался 4 ноября 1915 года от астмы в Киевско-Печерской лавре.