Митрополит Иоанникий (в миру Иван Максимович Руднев) родился 20 февраля 1826 года, по другим данным в 1827 году в семье бедного дьячка в селе Верхнем Скорчье (в иных источниках — Вышнем-Скворчем) Новосильского уезда Тульской губернии (ныне в Орловской области); обучался в Тульской духовной семинарии.

В 1849 году окончил курс в Киевской духовной академии; 11 октября того же года принял монашеский постриг.

21 декабря 1854 года возведен в сан архимандрита.

С 1856 года — инспектор Киевской духовной академии.

С 6 октября 1858 года — ректор Киевской духовной семинарии и настоятель Богоявленского монастыря, а в 1859 году — ректор академии.

С 6 октября 1860 года — ректор Санкт-Петербургской духовной академии.

12 июня 1861 году хиротонисан во епископа Выборгского, викария Санкт-Петербургской епархии, с оставлением в должности ректора.

С 12 января 1864 года — епископ Саратовский и Царицынский.

С 13 июля 1873 года — епископ Нижегородский и Арзамасский.

14 февраля 1877 года возведен в сан архиепископа.

С 8 декабря 1877 года — архиепископ Карталинский и Кахетинский, Экзарх Грузии.

С 1881 года член Святейшего Правительствующего Синода и почётный член Казанской духовной академии.

С 27 июня 1882 года — митрополит Московский и Коломенский.

В мае 1883 года возглавил совершение чина священного коронования Александра III, а позже в том же месяце — освящение завершённого строительством Храма Христа Спасителя в Москве.

Обер-прокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцев в своём письме императору Александру III от 15 октября 1891 года, в связи с вопросом о замещении вакантной Киевской кафедры (за кончиною митрополита Платона (Городецкого)), писал: «Московский митрополит Иоанникий, человек безупречный в нравственном отношении, по характеру своему не пришёлся по Москве. Он сух и необщителен, а Москва имеет свои особенности: там любят ласковое обращение и приветливость. Его не полюбили в Москве, и, кажется сам он это чувствует. В Киеве положение его было бы удобнее и свойственне его природе.» В ответном письме от 8 ноября того же года Александр III благодарил Победоносцева и писал: «Ваши соображения насчёт назначения в Москву арх. Леонтия из Варшавы, а в Киев Московского митрополита я совершенно одобряю и думаю сам, что это лучше.»

С 17 ноября 1891 года — митрополит Киевский и Галицкий.

С 31 января 1892 года почетный член Московской духовной академии.

6 мая 1895 года сопричислен ордену Св. Андрея Первозванного.

14 мая 1896 года пожалован бриллиантовым крестом на митру.

По смерти Санкт-Петербургского митрополита Палладия (Раева), рескриптом от 25 декабря 1898 года назначен первенствующим членом Святейшего Синода (что было весьма необычно для Киевского митрополита).

Во всех епархиях, в которых он епископствовал, им были организованы дома для вдов и сирот духовного ведомства, свечные епархиальные заводы, доходы с которых шли на содержание семинарий и училищ, училища для девиц духовного звания, общежития для своекоштных учеников духовных училищ и семинарий.

Скончался 7 июня 1900 года в Голосеевской обители. Погребение его 11 июня возглавил митрополит Московский Владимир (Богоявленский); похоронен в Крестовоздвиженской церкви на Ближних Пещерах в Киево-Печерской Лавре, рядом с митрополитом Арсением (Москвиным).

← Митрополит Феогност (Лебедев) 1900-1903		Митрополит Платон (Городецкий) 1882-1891 →