Митрополит Киевский Исаия (в миру Исаакий Копыстенский) 14 октября 1615 перешел в братский Богоявленский монастырь и открыл там общежитие. Его назначили старшим иеромонахом монастыря, а впоследствии - первым ректором православного училища.

6 октября 1620 был возведен в сан епископа Перемышльского. Хиротонию совершил Иерусалимский Патриарх Феофан в Киево-Братском монастыре тайно ночью при пении патриаршего монаха из-за опасений агрессивной реакции поляков.

Вместе с Митрополитом Иовом и другими епископами перенес беды гонения, которое оказывали иезуиты и униаты.

В 1628 году был назначен архиепископом Смоленским и Черниговским. Польское правительство его не признало.

20 июля 1631 был избран митрополитом Киевским. В 1632 году был отстранен от управления митрополией и переведен в Киево-Печерскую лавру.

Сам епископ Исаия, как и митрополит Иов, был объявлен предателем и вынужден был скрываться за пределами своей епархии. Впоследствии обвинения в измене было с них снято, однако польское правительство не признавал права митрополита Исаии, его не допускали в епархиальное город и он лишь издали мог руководить своей паствой. Гонения и притеснения в Малороссии усилились настолько, что даже киевский воевода счел необходимым подать жалобу королю и сената о том, что русский народ доведен до отчаяния. После нескольких кровавых восстаний в Украину король был вынужден дать православным определенные льготы. Возобновилась деятельность духовных школ.

Горем для митрополита Исаии было отступление от православия влиятельного князя Иеремии Вишневецкого. Именно на пожертвования родителей были построены и украшены многочисленные монастыри, о которых заботился епископ Исаия. Он писал Вишневецкому письма, в которых призывал князя вернуться к православной вере.

В 1632-1633 годах на сейме, что избрал новым королем Владислава IV, впервые (со времени утверждения унии) польским правительством был признан православный Киевский митрополит и четыре епископа, но старому митрополиту Исаии не пришлось воспользоваться плодами победы православия. На том же сейме было решено, что больной и слабый Исаия не сможет возглавить новую напряженную борьбу с униатами и иезуитами. Поэтому митрополитом Киевским был избран младший и энергичный Петр Могила.

Умер митрополит Исаия 5 октября 1640 (по другим источникам - в 1634 году). Похоронен в Киево-Печерской лавре.