Митрополит Николай (в миру Борис Дорофеевич Ярушевич) родился 31 декабря 1891 (13 января 1892), Ковно.
Окончил петербургскую гимназию (с золотой медалью). Учился на физико-математическом факультете Санкт-Петербургского университета.
После первого курса перешёл в Санкт-Петербургскую Духовную Академию, которую закончил в 1914 со степенью кандидата богословия. Слушал лекции на юридическом факультете Санкт-Петербургского университета. Магистр богословия (1917; тема диссертации: «Церковный суд в России до издания Соборного Уложения Алексей Михайловича 1649 г.», удостоена Макарьевской премии). Подготовил докторскую диссертацию на тему «О бессмертии души», рукопись которой погибла во время блокады Ленинграда. Доктор богословия (1949; за книгу «Слова и речи». Т. 1). Почётный член Ленинградской духовной академии (1952).
23 октября 1914 года был пострижен в монашество ректором академии епископом Анастасием (Александровым), высокообразованным иерархом, оказавшим большое влияние на духовное развитие будущего митрополита. 24 октября 1914 — иеродиакон; 25 октября — иеромонах. Вскоре после своего рукоположения в священный сан он выехал на фронт Первой мировой войны, сначала для служения духовником-проповедником в санитарном поезде, а с ноября 1914 — священником лейб-гвардии Финляндского полка. В 1915 в связи с тяжёлой болезнью (ревматизм с осложнением на сердце) покинул фронт. С 1915 — преподаватель литургики, гомилетики, практического руководства для пастырей, церковной археологии, немецкого языка в Петроградской духовной семинарии. С декабря 1916, одновременно, священник церкви святителя Николая при Николаевской детской больнице. С декабря 1918 — настоятель Петропавловского собора г. Петергофа.
С 1919 — архимандрит, наместник Александро-Невской лавры. Под его руководством в лавре издавались «Листки», проводились внебогослужебныые беседы, религиозно-философские, богословские и церковно-общественные чтения. Действовало Богословско-пастырское училище, в котором архимандрит Николай читал лекции по литургике, гомилетике (церковному проповедничеству).
25 марта (7 апреля) 1922 был хиротонисан во епископа Петергофского, викария Петроградской епархии. Хиротонию в Троицком соборе Александро-Невской Лавры возглавил митрополит Петроградский Вениамин (Казанский); участвовал также епископ Ямбургский Алексий (Симанский) (впоследствии Патриарх).
В феврале 1923 был выслан в пос. Усть-Кулом Зырянского края. В это время был тяжело болен из-за обострения ревматизма. В ссылке написал акафист Богоматери, который совершал позднее перед Её иконой, именуемой «Млекопитательница». После окончания ссылки, в начале 1926 года вернулся в Ленинград, поселился в Петергофе (Красный проспект, 40), служил в местном Петропавловском соборе.
В сентябре 1927 — феврале 1928 временно управлял Ленинградской епархией, получив назначение от митрополита Сергия (Страгородского) и Временного при нем Патриаршего Священного Синода, после устранения с кафедры митрополита Иосифа (Петровых). Активно поддерживал линию Заместителя Патриаршего Местоблюстителя (митрополита Сергия (Страгородского)), направленную на достижение «легализации» со стороны существовавшего в СССР режима за счёт значительных уступок со стороны Патриархии. В данный период противостоял не только обновленцам, но также и сильному с конца 1927 года иосифлянскому движению сторонников смещённого с Ленинградской кафедры митрополита Иосифа (Петровых).
С 1935 — архиепископ Петергофский.
В 1936—1940, оставаясь по титулу Петергофским, по поручению митрополита Алексия (Симанского), управлял Новгородской и Псковской епархиями. В то время ему было запрещено жить в Ленинграде, он был вынужден переехать в посёлок Татьянино под Гатчиной. Служил обычно иерейским чином в ленинградском Николо-Морском соборе.
Осенью 1940 года был, определён архиепископом (с 9 марта 1941 года — митрополит) Волынским и Луцким, Экзархом западных областей Украины и Белоруссии. С 9 марта 1941 — митрополит.
С 15 июля 1941 — митрополит Киевский и Галицкий, Экзарх Украины. С наступлением немецких войск эвакуировался в Москву, не успев взять с собой ничего, кроме архиерейского посоха. 12 октября 1941 в своем завещании, написанном перед эвакуацией из Москвы, митрополит Сергий (Страгородский), назвал его третьим кандидатом в Местоблюстители после своей кончины, после митрополита Алексия (Симанского) и архиепископа Сергия (Гришина). Сопровождал митрополита Сергия в эвакуацию, но уже через 4 месяца вернулся в Москву. В феврале 1942 — августе 1943 управлял Московской епархией во время пребывания Патриаршего Местоблюстителя в Ульяновске; был награждён медалью «За оборону Москвы».
Участвовал в известной встрече трёх митрополитов (кроме него: Сергия (Страгородского) и Алексия (Симанского)) с Иосифом Сталиным 4 сентября 1943, после которой правительство разрешило избрание Патриарха, восстановление церковных учебных заведений, освободило из лагерей ряд оставшихся в живых пастырей.
С сентября 1943 года — член редакционной коллегии «Журнала Московской Патриархии»; затем возглавлял Издательский отдел Московской Патриархии (до 19 сентября 1960).
С 8 сентября 1943 года — постоянный член Священного Синода. С 28 января 1944 года — митрополит Крутицкий, управляющий Московской епархии. Его кафедральным храмом и местом постоянного служения стал храм Преображения Господня в Преображенском.
С 25 марта 1947 года — митрополит Крутицкий и Коломенский.
Был первым Председателем Отдела внешних церковных сношений: с апреля 1946 до июня 1960. 7 мая 1957 года, в соответствии с решением Синода РПЦ, подписал постановление о восстановлении молитвенно-канонических отношений между РПЦ и Финляндской Православной Церковью.
С 19 сентября 1960 года на покое.
Скончался рано утром 13 декабря 1961 года в Боткинской больнице, куда был госпитализирован в начале ноября того же года с приступом стенокардии. По свидетельствам близких, состояние владыки уже улучшилось, но из больницы его не выпускали. Резкий кризис и смерть наступили после того как медсестра сделала владыке укол с неизвестным препаратом (возможно врачебная ошибка, или намеренные действия). Существует мнение, что его смерть не была вполне естественной (и, следовательно, была мученической), но это не подтверждено документально.
Отпевание было совершено 15 декабря 1961 года в трапезном храме Троице-Сергиевой лавры (Загорск); чин погребения возглавлял Патриарх Алексий I. Похоронен в крипте Смоленской церкви в Лавры.