После трагической смерти митрополита Владимира (Богоявленского) в январе-мае 1918 года Киевской кафедрой управлял епископ Чигиринский Никодим (Кротков).

К решению о принятии монашеского пострига его подтолкнуло несчастье — скончалась матушка и единственная дочь, после чего он уезжает в Киев.

В Свято-Успенской Киево-Печерской Лавре принимает монашеский постриг с именем Никодим и спустя время становится епископом Чигиринскимю а с 1921 года — епископом Таврическим и Симферопольским. В 1922 году епископ Никодим был арестован и заточен в тюрьму. Но жители Симферополя так уважали своего пастыря, что попросили руководство местных властей разрешить владыке совершить Божественную литургию в день Преображения Господня (19 августа).

Вскоре его вновь арестовали, а в ноябре 1922 года симферопольским трибуналом он был приговорен к тюремному заключению, в котором находился по 1932 год. Прошел Соловецкий концлагерь, тюрьмы, зоны.

После освобождения назначается архиепископом Костромским, но вновь подвергается неоднократным арестам. В книге протодиакона Сергия Голубцова «Профессура МДА в сетях Гулага и ЧК», содержатся сведения о последних годах жизни владыки: «3 декабря 1936 года по обвинению в контрреволюционной агитации был арестован архиепископ Костромской и Галичский Никодим. 4 февраля дело было направлено для внесудебного разбирательства в особую комиссию при НКВД. Ожидая своей участи, владыка направил заявление прокурору, в котором обличал грубое поведение следователя Ильичева, угрозами добивавшегося от него показаний. Но это заявление дало обратный эффект.

В апреле 1937 года архиепископа Никодима приговорили к пятилетней ссылке в Красноярский край. Но его освободили, потому что в этот день не было этапа в этот регион.

В сентябре 1937 года его вновь арестовывают в Ярославле и помещают в тюрьму, где он подвергается жестоким пыткам во время допросов.

Владыка Никодим не выдержал моральных и физических издевательств и скончался в 14 часов 30 минут 21 августа 1938 года в тюремной больнице Костромы».

Архиерейским Собором РПЦ 2000 года архиепископ Никодим причислен к лику святых.