Он родился 1 января 1848 года в Тамбовской губернии. Будучи сыном священника, начальное духовное образование он получил в тамбовских духовных школах. В 1874 году окончил Киевскую духовную академию.

Здесь же начинает свою писательскую и переводческую деятельность (переводит с западноевропейских языков философов и богословов).

В 1882 году становится священником, в 1886 году трагическая гибель супруги и малолетнего ребенка побуждает отца Владимира принять монашеский постриг.

19 февраля 1891 года он становится епископом Самарским. Всероссийскую известность принесла его деятельность во время эпидемии холеры, охватившей Поволжье. Митрополит Казанский и Свияжский Серафим вспоминал, что "в то время, когда власть терялась, святитель первый пошел к народу с крестом в руках". Благодаря самоотверженной деятельности митрополита Владимира, был учрежден епархиальный комитет взаимопомощи и организован сбор пожертвований пострадавшим от холеры и голода. При его содействии устраивались бесплатные столовые для голодающих. На холерных кладбищах он совершал панихиды о почивших, служил на городских площадях молебны об избавлении от бедствий, безбоязненно посещал холерные бараки в местах, охваченных эпидемией.

18 октября 1892 года в сане архиепископа он возглавляет Грузинский экзархат. 21 февраля 1898 года возведен в сан митрополита с назначением на Московскую кафедру. Этот период пастырского служения владыки характеризуется активной проповедью христианства среди пролетариев, острой полемикой с марксистскими идеями, захлестнувшими рабочий класс.

23 ноября 1912 года он становится митрополитом Петроградским и Ладожским, первенствующим членом Святейшего Синода Русской Православной Церкви.

Но за открытое осуждение Распутина в ноябре 1915 года владыка Владимир был переведен в Киев, охваченный предреволюционными шатаниями. Митрополит Владимир старался воспрепятствовать церковному брожению и расколу. Он увещевал будущих революционеров-автокефалистов не сеять церковную смуту, ибо пожнут они бурю, и кровью умоется и народ, и Церковь его. В адрес святителя звучали оскорбления и угрозы, но он, предвидя свою Голгофу, оставался непреклонен.

25 января 1918 года вооруженные красногвардейцы ворвались в покои митрополита Владимира и после издевательств вывели его через Экономические ворота за стены Лавры. По свидетельству Гавриила Неробова, жителя села Покрова, приехавшего в Киев из Ярославской губернии, святитель, стоя у земляного вала под прицелом солдат, сказал:

— Вы здесь хотите меня расстрелять?

— А что же, церемониться с тобой?

Тогда владыка попросил у них время помолиться.

— Только скорее!

Святитель возвел руки кверху и сказал: "Господи, прости мои согрешения, вольные и невольные, и прими дух мой с миром". Потом, крестообразно благословляя обеими руками убийц, произнес: "Бог да простит вас…".

Спустя несколько минут монахи услышали шесть выстрелов. Гетман Скоропадский установил на месте расстрела памятник святителю, который был разрушен, когда город вновь был захвачен большевиками.

В 1992 году по распоряжению Блаженнейшего Митрополита Владимира честные мощи святителя были обретены, они находятся в Дальних пещерах Свято-Успенской Киево-Печерской Лавры. Решением Архиерейского собора РПЦ митрополит Киевский и Галицкий Владимир (Богоявленский) причислен к лику святых.