Филарет Денисенко (в миру Михаил Антонович Денисенко) родился в 1929 в селе Благодатное Амвросиевского района Донецкой области в семье шахтёра.

В 1946 году по окончании средней школы поступил в третий класс Одесской духовной семинарии.

В 1948 году, по окончании семинарии, поступил в Московскую духовную академию.

1 января 1950 года, на втором курсе академии, был пострижен в монашество с именем Филарет и назначен исполняющим обязанности смотрителя Патриарших покоев в Троице-Сергиевой Лавре.

15 января 1950 года Патриархом Алексием I был рукоположён в иеродиакона.

В 1952 году, в день Пятидесятницы, рукоположён во иеромонаха. В том же году, по окончании академии со степенью кандидата богословия, был назначен преподавателем Священного Писания Нового Завета в Московской духовной семинарии; также исполнял обязанности благочинного Троице-Сергиевой Лавры.

В марте 1954 года получил звание доцента и назначен старшим помощником инспектора.

В августе 1956 года был возведён в сан игумена и определён инспектором Саратовской духовной семинарии; в 1957 году инспектор Киевской духовной семинарии.

12 июля 1958 года возведён в сан архимандрита. Последний ректор Киевской духовной семинарии (закрыта в 1960 году)

С 1960 года был управляющим делами Украинского Экзархата.

С мая 1961 по январь 1962 года — настоятель подворья РПЦ при Александрийском Патриархате в Александрии (Египет).

4 февраля 1962 года был хиротонисан во епископа Лужского, викария Ленинградской епархии, и назначен управляющим Рижской епархией. Хиротонию возглавил митрополит Ленинградский и Ладожский Пимен (Извеков).

16 июня 1962 года был освобождён от обязанностей викария Ленинградской епархии и назначен викарием Среднеевропейского Экзархата с временным управлением Среднеевропейским Экзархатом.

10 октября 1962 года был освобождён от временного управления Среднеевропейским Экзархатом и 16 ноября того же года назначен епископом Венским и Австрийским.

С 22 декабря 1964 года — епископ Дмитровский, викарий Московской епархии и ректор Московской духовной академии и семинарии.

22 февраля 1965 года был назначен председателем Комиссии по подготовке материалов для Богословской энциклопедии.

С 14 мая 1966 архиепископ Киевский и Галицкий, Экзарх Украины и постоянный член Священного Синода. В 1968 году возведён в сан митрополита.

3 мая 1990 года умер Предстоятель РПЦ Патриарх Пимен; в тот же день состоялось заседание Священного Синода РПЦ, на котором Местоблюстителем Патриаршего Престола был избран митрополит Киевский Филарет.

В мае 1990 года на встрече с духовенством Тернопольской епархии Филарет порицал участников автокефального раскола, говоря, что раскольники действуют по прямой указке националистических организаций, обосновавшихся за границей.

6 июня в патриаршей резиденции в Даниловом монастыре состоялся Архиерейский Собор, избравший трех кандидатов на патриарший престол: митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Ридигера), митрополита Ростовского и Новочеркасского Владимира (Сабодана) и митрополита Киевского и Галицкого Филарета (Денисенко). Имея давние и тесные связи с руководством страны, Филарет рассчитывал, что именно он возглавит Русскую Православную Церковь. По словам митрополита Никодима «он пошёл накануне выборов к Лукьянову А. И. и говорит, что есть договорённость с ЦК, что именно он будет Патриархом. На что Лукьянов ответил: „Михаил Антонович, теперь мы вам не можем помочь: как решит Собор, так и будет“».

В результате тайного голосования за Алексия было отдано 139 голосов, за Владимира — 107, за Филарета — 66.

В июле 1990 года украинский епископат подаёт прошение о автономии православной церкви на Украине.

Архиерейский Собор РПЦ 25-27 октября 1990 упразднил Украинский Экзархат; Киевский Митрополит стал Предстоятелем Украинской Православной Церкви с титулом «Митрополит Киевский и всея Украины», в пределах Украинской Православной Церкви ему усваивался титул «Блаженнейший».

Во время августовского путча ГКЧП выступил в поддержку ГКЧП. После провозглашения 24 августа 1991 года Верховным Советом УССР независимости Украины, секретарь ЦК КПУ Леонид Кравчук стал первым её президентом, Митрополит Филарет резко меняет свои убеждения на кардинально противоположные. Филарет Денисенко получает указание создать «в независимом государстве — независимую церковь».

Митрополит Филарет возглавил созванный Архиерейским собором УПЦ 1 ноября 1991 года Собор УПЦ, который под давлением Митрополита Филарета единогласно принял решение о полной каноничной независимости, то есть автокефалии Украинской Православной Церкви. Собор обратился к патриарху Алексию II и епископату РПЦ с этим решением, но Архиерейский Собор РПЦ 2 апреля 1992 года перенёс его рассмотрение на Поместный собор РПЦ, который в 2009 году не имел в повестке дня данного вопроса.

22 января 1992 г. под председательством митрополита Филарета (Денисенко) в Киеве состоялось епископское совещание УПЦ. На нем под давлением митрополита Филарета было принято новое обращение ко всем архиереям РПЦ, акцент которого ставился на том, что священноначалие Русской Церкви «умышленно затягивает положительное решение вопроса об автокефалии», и что «определённые силы» сеют смуту среди монашествующих, духовенства и мирян и тем самым фактически работают против православия на Украине. Начались смещения архиереев, настоятелей выступавших против автокефалии.

31 марта – 5 апреля 1992 г. состоялся Архиерейский Собор Русской Православной Церкви. На результаты обсуждения вопроса Украинской Православной Церкви не могли не повлиять многочисленные делегации верующих из разных епархий Украины, протестовавших против автокефалии. Архиепископ Виленский Хризостом, выступив первым, поддержал принципиальную необходимость предоставления Украинской Православной Церкви автокефалии, но счел нецелесообразным делать это в настоящий момент потому, что своими необдуманными действиями митрополит Филарет (Денисенко) внес разлад в церковную жизнь Украины. По словам владыки Хризостома, митрополит Филарет, двадцать пять лет возглавлявший Украинский Экзархат и получивший в последние годы большую самостоятельность, не предусмотрел возможности автокефального раскола и возрождения униатства, «и сегодня дарование автокефалии не приведет к единству, а будет лишь поражением Православия и расколом». Группа украинских епископов выступила с предложением рассмотреть вопрос о смене Предстоятеля Украинской Православной Церкви, «так как владыка Филарет (Денисенко) не соответствует требованиям, предъявляемым к личности, способной объединить вокруг себя всех православных клириков и мирян в Украине».

2 апреля 1992 г. поворотным моментом на Архиерейском соборе РПЦ в полемике вокруг личности Филарета (Денисенко) и его автокефалистских устремлений, явилось предложение епископа Магаданского Аркадия (Афонина) рассмотреть вопрос о смене главы УПЦ, «так как владыка Филарет (Денисенко) не соответствует требованиям, предъявляемым к личности, способной объединить вокруг себя всех православных клириков и мирян на Украине». Архиепископ Солнечногорский Сергий (Фомин) заявил: «УПЦ пока не автокефальна, у неё нет своих закрытых внутренних вопросов, которые не были бы доступны компетенции архиерейского Собора РПЦ». Подводя итог заседаний, Патриарх Московский и всея Руси Алексий II cказал: «…Все мы в ответе за то, что происходит на Украине, но с Предстоятеля Украинской  Церкви спрос особый. Мы просим владыку Филарета ради блага православия на Украине, ради нашего единства, во имя спасения Церкви на Украине уйти со своего поста и предоставить епископам Украины возможность выбрать нового Предстоятеля». На этом Соборе митрополит Филарет (Денисенко), стоя перед Крестом и Евангелием заверил архипастырей, что «во имя мира церковного он подаст прошение на предстоящем Архиерейском Соборе УПЦ об освобождении его от обязанностей ее Предстоятеля». При вторичном подтверждении своего решения он сказал: «Мы же христиане и если мы говорим да, то да…»

14 апреля 1992 г. прибыв на Украину, митрополит Филарет отказался от своих обещаний и провел пресс-конференцию, на которой обвинил Архиерейский Собор в давлении на него, заявил, что на Соборе он был «как на Голгофе» и сообщил, что обещание его уйти с поста Предстоятеля Украинской Православной Церкви, было сделано по дипломатическим соображениям. Лейтмотивом дальнейших высказываний было то, что он будет возглавлять Украинскую Православную Церковь до конца своих дней, поскольку он «дан Богом украинскому православию».

27 – 28 мая 1992 г. в Харькове состоялся Собор епископов Украинской Православной Церкви, постановлением которого митрополит Филарет за откровенные нарушения церковных канонов был смещен с Киевской кафедры и с поста Предстоятеля Украинской Православной Церкви, почислен за штат и запрещен в священнослужении. Собор избрал Предстоятелем УПЦ авторитетного иерарха – митрополита Ростовского и Новочеркасского Владимира (Сабодана). Священный Синод РПЦ, обсудив положение в УПЦ в свете только что принятых её Архиерейским Собором решений, определил рассмотреть дело митрополита Филарета (Денисенко) на Архиерейском Соборе РПЦ.

11 июня 1992 Архиерейский Собор РПЦ МП постановил «извергнуть митрополита Филарета (Денисенко) из сущего сана, лишив его всех степеней священства и всех прав, связанных с пребыванием в клире», за «жестокое и высокомерное отношение к подведомственному духовенству, диктат и шантаж (Тит. 1, 7-8; святых апостолов правило 27-е), внесение своим поведением и личной жизнью соблазна в среду верующих (Мф. 18, 7; Первого Вселенского Собора Правило З-е, Пято-Шестого Вселенского Собора правило 5-е), клятвопреступление (святых апостолов правило 25-е), публичную клевету и хулу на Архиерейский Собор (Второго Вселенского Собора правило 6-е), совершение священнодействий, включая рукоположения в состоянии запрещения (святых апостолов правило 28-е), учинение раскола в Церкви (Двукратного Собора правило 15-е)». Филарет не признал за собой вины и не подчинился решению Собора, считая его неканоническим и незаконным.

21 февраля 1997 на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в Свято-Даниловом монастыре в Москве был отлучён от Церкви и предан анафеме. Постановлением Собора в вину Филарету вменялось: «Монах Филарет не внял обращенному к нему от лица Матери-Церкви призыву к покаянию и продолжал в межсоборный период раскольническую деятельность, которую он простер за пределы Русской Православной Церкви, содействуя углублению раскола в Болгарской Православной Церкви и принимая в общение раскольников из других Поместных Православных Церквей». Филарет отлучения не признаёт, поскольку оно, с его точки зрения, было совершено по политическим мотивам, являясь, таким образом, недействительным.

После извержения из сана и создания 25 июня 1992 года непризнанной поместными православными Церквами Украинской Православной Церкви — Киевского Патриархата (УПЦ КП), митрополит Филарет стал заместителем Патриарха Мстислава (Скрыпника), чья апостольская преемственность и епископский сан вызывали сомнение у Православных церквей.

По смерти Мстислава, в 1993 стал заместителем нового Патриарха Киевского и всея Руси-Украины Владимира (Романюка), который умер при загадочных обстоятельствах в 1995 году.

20 октября 1995 Поместным Собором УПЦ КП избран Предстоятелем Украинской Православной Церкви Киевского Патриархата, Патриархом Киевским и всея Руси-Украины. Интронизация состоялась 22 октября 1995 г. во Владимирском кафедральном соборе Киева.

С 20 октября 1995 является предстоятелем Украинской православной церкви Киевского Патриархата, не признанной ни одной из поместных православных Церквей, с титулом «Святейший Патриарх Киевский и всея Руси-Украины».